Practice for Computational Biology


3. PhoE Porin Protein and Key Residues



Porin 단백질중 PhoE의 구조에 대하여 알아보자. 먼저 과제를 위해 RCSB나 NCBI같은 구조DB website로 부터 PhoE Porin protein 구조를 다운받아라 (PDB Id: 1pho) [3장 강의내용 참조]

1) VMD를 이용하여 터널(배럴, barrel)속 구조를 잘 관찰하여 L3 loop와 배럴벽 구조에 존재하는 음전하및 양전하를 띤 터널의 개폐를 조절하는 주요 아미노산 6개를 모두 찾아 아미노산이름및 번호를 적어라. (12점)
(Hint: 이들중 3개는 barrel구조속에 있고 나머지 3개는 L3 loop속에 있다.)

2)그림1&2: Porin protein 전체구조가 잘 보이도록 VMD를 이용하여 그림을 그려라. L3 loop가 잘 보이도록 다른 색을 사용하라. 완성된 그림을 jpeg 형식으로 정면및 측명 2장을 저장하여 제출하라. 이때는 앞에서 찾은 key residue들을 표시하지 않아도 된다. (5+5=10점)
(예: bio20_1.jpg, bio20_2.jpg)

3)그림3: 앞에서 찾은 residue들이 잘보이도록 VMD를 이용하여 그린후 그림은 jpeg 형식으로 저장한후 제출하라. (10점)
(예: bio20_3.jpg)

4) 앞에서 찾은 key residue중 L3 loop 상에 있는 3개의 residue중에서 번호가 제일작은 residue와 제일큰 residue 간 거리를 DeepView를 이용하여 측정하여라. 거리측정은 두 residue 원자들중 Ca-Ca 원자간 거리를 측정하여라. (8점)


Go back