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Porin 단백질중 PhoE의 구조에 대하여 알아보자. 먼저 과제를 위해 RCSB나 NCBI같은 구조DB website로 부터 PhoE Porin protein 구조를 다운받아라 (PDB Id: 1pho) [3장 강의내용 참조] 1) VMD를 이용하여 터널(배럴, barrel)속 구조를 잘 관찰하여 L3 loop와 배럴벽 구조에 존재하는 음전하및 양전하를 띤 터널의 개폐를 조절하는 주요 아미노산 6개를 모두 찾아 아미노산이름및 번호를 적어라. (12점) (Hint: 이들중 3개는 barrel구조속에 있고 나머지 3개는 L3 loop속에 있다.) 2)그림1&2: Porin protein 전체구조가 잘 보이도록 VMD를 이용하여 그림을 그려라. L3 loop가 잘 보이도록 다른 색을 사용하라. 완성된
그림을 jpeg 형식으로 정면및 측명 2장을 저장하여 제출하라. 이때는 앞에서 찾은 key residue들을 표시하지 않아도 된다. (5+5=10점) 3)그림3: 앞에서 찾은 residue들이 잘보이도록 VMD를 이용하여 그린후 그림은 jpeg 형식으로 저장한후 제출하라. (10점) 4) 앞에서 찾은 key residue중 L3 loop 상에 있는 3개의 residue중에서 번호가 제일작은 residue와 제일큰 residue 간 거리를 DeepView를 이용하여 측정하여라. 거리측정은 두 residue 원자들중 Ca-Ca 원자간 거리를 측정하여라. (8점) |