Practice for Computational Biology


3. PhoE Porin Protein and Key Residues



Porin ´Ü¹éÁúÁß PhoEÀÇ ±¸Á¶¿¡ ´ëÇÏ¿© ¾Ë¾Æº¸ÀÚ. ¸ÕÀú °úÁ¦¸¦ À§ÇØ RCSB³ª NCBI°°Àº ±¸Á¶DB website·Î ºÎÅÍ PhoE Porin protein ±¸Á¶¸¦ ´Ù¿î¹Þ¾Æ¶ó (PDB Id: 1pho) [3Àå °­Àdz»¿ë ÂüÁ¶]

1) VMD¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© ÅͳÎ(¹è·², barrel)¼Ó ±¸Á¶¸¦ Àß °üÂûÇÏ¿© L3 loop¿Í ¹è·²º® ±¸Á¶¿¡ Á¸ÀçÇÏ´Â À½ÀüÇÏ¹× ¾çÀüÇϸ¦ ¶í ÅͳÎÀÇ °³Æó¸¦ Á¶ÀýÇÏ´Â ÁÖ¿ä ¾Æ¹Ì³ë»ê 6°³¸¦ ¸ðµÎ ã¾Æ ¾Æ¹Ì³ë»êÀ̸§¹× ¹øÈ£¸¦ Àû¾î¶ó. (12Á¡)
(Hint: À̵éÁß 3°³´Â barrel±¸Á¶¼Ó¿¡ ÀÖ°í ³ª¸ÓÁö 3°³´Â L3 loop¼Ó¿¡ ÀÖ´Ù.)

2)±×¸²1&2: Porin protein Àüü±¸Á¶°¡ Àß º¸À̵µ·Ï VMD¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© ±×¸²À» ±×·Á¶ó. L3 loop°¡ Àß º¸À̵µ·Ï ´Ù¸¥ »öÀ» »ç¿ëÇ϶ó. ¿Ï¼ºµÈ ±×¸²À» jpeg Çü½ÄÀ¸·Î Á¤¸é¹× Ãø¸í 2ÀåÀ» ÀúÀåÇÏ¿© Á¦ÃâÇ϶ó. À̶§´Â ¾Õ¿¡¼­ ãÀº key residueµéÀ» Ç¥½ÃÇÏÁö ¾Ê¾Æµµ µÈ´Ù. (5+5=10Á¡)
(¿¹: bio20_1.jpg, bio20_2.jpg)

3)±×¸²3: ¾Õ¿¡¼­ ãÀº residueµéÀÌ Àߺ¸À̵µ·Ï VMD¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© ±×¸°ÈÄ ±×¸²Àº jpeg Çü½ÄÀ¸·Î ÀúÀåÇÑÈÄ Á¦ÃâÇ϶ó. (10Á¡)
(¿¹: bio20_3.jpg)

4) ¾Õ¿¡¼­ ãÀº key residueÁß L3 loop »ó¿¡ ÀÖ´Â 3°³ÀÇ residueÁß¿¡¼­ ¹øÈ£°¡ Á¦ÀÏÀÛÀº residue¿Í Á¦ÀÏÅ« residue °£ °Å¸®¸¦ DeepView¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© ÃøÁ¤ÇÏ¿©¶ó. °Å¸®ÃøÁ¤Àº µÎ residue ¿øÀÚµéÁß Ca-Ca ¿øÀÚ°£ °Å¸®¸¦ ÃøÁ¤ÇÏ¿©¶ó. (8Á¡)


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