Practice for Computational Biology


4. Structure comparison: Porin Proteins



이번 과제에서는 여러가지 다양한 Porin protein들의 구조를 비교해 본다.

Porin 이란 Gram negative 균들의 바깥쪽 세포막에 OmpF를 비롯하여 OmpC, OmpA, OmpK36, OmpX, PhoE등 다양한 형태의 porin이 존재한다. 이들중에서 OmpC를 제외한 나머지 5개 protein의 X-ray 구조를 얻을 수 있다. (PDB file download)

1) 이들 5개의 구조를 다운로드한후 VMD 와 DeepView를 이용하여 구조들을 관찰및 비교해 보라.

2) VMD를 이용하여 각각의 구조들의 특징을 잘 알아볼 수 있게 1장이상씩 그릴것.

3) 생물/생화학책/논문/인터넷등을 이용하여 Porin에 대한 일반적인 설명을 준비할것.

4) Slide 만들기: Powerpoint를 이용하여 Porin 및 porin 구조비교에 관한 발표자료를 준비한다.

먼저 3)에서 준비한 자료들을 이용하여 Porin에 대한 일반적인 설명을 2-5장 준비한후 2)에서 여러분이 직접 만든 그림들과 PDB 화일속에 명시된 논문들을 이용하여 5개의 Porin protein들의 구조및 특징들을 일목 요연하에 비교 분석하여라. 총 slide 수는 최소 6장 이상 원하는 수 만큼 사용하라.

준비된 Powerpoint 화일을 정해진 시간 까지 제출하라.

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