1. Computational Biology (Molecular Modeling) The most distinctive feature of this research field is to use computer for studying biological phenomena. The state of art modern computational methods for bioscience study include molecular dynamics (MD) simulation, molecular docking, homology modeling etc. Here are the proteins we are currently working on:
  • SUMO/Ubiquitin
  • HslUV/CodXW (ATP-dependent Protease)
  • Thioredoxin (Trx)
  • Micro RNAs: PAZ
  • Protein Engineering: D-Pscicos Epimerase

2. Computer-Aided Molecular(Drug) Design: This hot field means the systematic molecular design using computer and it consists of 2D/3D QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationships) and developing pharmacophore model and data searching for the new lead molecules. This is the protein list:

  • PPARγ (Peroxisome Proliferator-Activated Receptor-γ)
  • MetRS(Methionyl-tRNA Synthetase)
  • PTP1B( Protein Tyrosine Phosphatase 1B)
  • LCK (Specific Protein Tyrosine Kinase)
  • AK (Adenosine Kinase)

3. Bioinformatics/Systems Biology: Since the HGP was completed, this biodata analysis area is becoming a new exciting research field of modern biology. We are also interested especially in the following topics:

  • Systems Biology
  • Micro RNA
  • Epigenomics/Epigenetics
  • Genomics/Proteomics Analysis



주요연구분야

본 연구실은, 실험을 주로하는 일반적인 생명과학연구실과 달리, 컴퓨터만을 이용하여 생명현상을 연구한다. 이런분야를 계산생물학(Computational Biology) 혹은 생물정보학(Bioinformatics) 이라 부른다. 본 연구실에서 수행하는 구체적인 연구분야는 1) 분자모델링, 2) 컴퓨터를 이용한 신약설계, 그리고 3) 생물정보학 등 세가지로 나눌수 있다.

1. 컴퓨터모의실험/분자모델링(Computer Simulation/Molecular Modeling): 계산생물학의 가장 대표적인 연구분야로서 고성능 슈퍼컴퓨터를 이용한 모의실험계산을 수행하여 단백질이나 핵산같은 거대분자들의 상호작용이나 구조변화등에 대하여 연구한다. 가장대표적인 모의실험방법은 뉴튼방정식을 풀어서 단백질/핵산같은 거대분자의 실시간 움직임을 관찰하는 분자동력학모의실험 (Molecular Dynamics Simulation)과 결합방식이 알려지지 않은 단백질과 지질의 상호작용 conformation을 알아내는 분자도킹모의실험 (Molecular Docking Simulation) 방법등이 있다. 또한 아직 3차원 입체구조가 밝혀지지 않은 단백질의 입체구조를 시퀀스정보로 부터 알아내는 호몰로지모델링(Homology Modeling)등 다양한 연구기법등을 활용하여 단백질-기질 혹은 단백질-단백질간의 상호작용을 연구한다. 다음은 현재 연구중인 단백질 목록이다:
  • SUMO/Ubiquitin
  • HslUV/CodXW (ATP-dependent Protease)
  • Thioredoxin (Trx)
  • Micro RNAs: PAZ
  • Protein Engineering: D-Pscicos Epimerase

2. 컴퓨터를 이용한 분자(신약)설계(Computer-Aided Molecular(Drug) Design): 이 분야는 합리적이고 체계적인 방법론을 통하여 항암제 혹은 항생제같은 새로운 신약 혹은 신약후보물질을 도출하는 연구분야로서 모든 주요 제약회사에서 사용하고 있는 매우 부가가치가 높은 중요한 연구분야이다. 공격 목표 단백질에 대한 2차원/3차원 정량적구조활성관계 (2D/3D QSAR, Quantitative Structure-Activity Relationships)를 연구하고 또한 필요한 pharmacophore 모델을 도출하고 이를 토대로 적절한 database screening을 실시한다. 다음은 현재 연구중인 단백질 혹은 시스템 목록이다:

  • PPARγ (Peroxisome Proliferator-Activated Receptor-γ)
  • MetRS(Methionyl-tRNA Synthetase)
  • PTP1B( Protein Tyrosine Phosphatase 1B)
  • LCK (Specific Protein Tyrosine Kinase)
  • AK (Adenosine Kinase)

3. 생물정보학/시스템생물학(Bioinformatics/System Biology): 2001년 인간유천체사업(HGP)이 완성된 후 많은 관심이 모아지고 있는 연구분야로서 현재 최첨단 실험방법에 의하여 축적된 엄청난 유전체혹은 단백체 데이터베이스 정보들을 전산과학이나 통계학적 기법등을 이용하여 분석하는 연구분야이다. 현대생명과학의 주요 관심분야이며 앞으로도 이분야 연구자에 대한 수요가 증가 할 것으로 기대되고 있다. 다음은 구체적인 연구분야및 주제목록이다:

  • Systems Biology
  • Micro RNA
  • Epigenomics/Epigenetics
  • Genomics/Proteomics Analysis






[ Lab Meeting Schedule ]




Research Target Proteins 1

1) Leucyl-tRNA Synthetase

2) HIV-1 Integrase (1, 2)




3) Porin Proteins: OmpF


4) HIV-1 RT
5) BoNT(Botulinum NeuroToxin)

6) LCK(Lymphocyte-specific PTK)




Research Target Proteins 2


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